在生命系统中，蛋白质从不“单打独斗”，而是通过相互作用构建起复杂的信号转导网络、调控网络及代谢网络。蛋白–蛋白互作（Protein–Protein Interactions, PPI）网络分析，不仅有助于识别关键功能蛋白和通路节点，还常常揭示隐藏的生物学机制，推动疾病标志物或药物靶点的发现。

一、常用蛋白互作数据库简介

1、STRING：广泛使用的综合型PPI数据库

STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) 是当前最受欢迎的蛋白互作数据库之一，整合了实验数据、预测模型、文献挖掘、协同进化分析等多个来源，为用户提供高置信度的互作信息。其特点包括：

• 数据全面：支持超过2000个物种，覆盖人类、小鼠、植物等模式生物。
• 评分机制：基于证据强度为每一对蛋白赋予置信度评分（0–1）。
• 可视化直观：内置交互式网络视图和功能富集分析模块。

使用建议：对于基于质谱鉴定出的差异蛋白，STRING可以作为首选互作信息来源。

2. BioGRID、IntAct、DIP：侧重实验验证的PPI库

如果更关注实验支持的互作信息，BioGRID、IntAct 和 DIP 等数据库提供更严谨的数据来源。这些数据库主要收录双杂交、共沉淀、质谱等实验验证的PPI，适用于对互作机制进行深入解析的研究。

二、网络构建工具推荐：Cytoscape及其生态插件

在获取互作数据之后，如何构建和分析PPI网络 是下一个关键步骤。这里推荐广泛应用的Cytoscape平台。

1、Cytoscape简介

Cytoscape 是一款开源网络可视化与分析软件，尤其适合生物学网络建模。其优势包括：

• 插件生态丰富（>300个插件）：支持网络聚类、功能富集、动态模拟等。
• 可视化高度定制：节点形状、颜色、边权重均可自定义。
• 支持多数据导入：可整合表达量、功能注释等元数据。

2、实用插件推荐

三、PPI网络分析实践教程（以STRING + Cytoscape为例）

1、差异蛋白准备

使用质谱分析平台获得定量蛋白数据，并筛选出显著变化蛋白（如Log2FC > 1，p < 0.05）。

2、在STRING中构建互作网络

• 打开 STRING。
• 输入目标蛋白的名称或Uniprot ID。
• 选择物种并提交。
• 调整置信度阈值（建议 ≥ 0.7）。
• 下载网络数据（TSV或XGMML格式）。

3、导入Cytoscape并可视化

• 启动 Cytoscape，安装 STRINGapp 插件。
• 导入下载的网络文件，或通过STRINGapp在线获取。
• 通过视觉映射设置表达量与颜色/大小映射。
• 利用MCODE或cytoHubba进行模块和核心节点识别。

4、结合富集分析进行生物学解读

• 使用 ClueGO 插件或独立工具（如 DAVID、Metascape）。
• 识别差异蛋白参与的关键通路（KEGG）、生物过程（GO）等。
• 将富集结果映射回网络，提升解释力。

四、高阶技巧：动态网络与多组学整合

对于时间序列实验或多条件比较，静态PPI网络可能无法全面揭示动态变化。此时，可以：

1、利用dyNet等插件进行动态网络构建。

2、将转录组、磷酸化组等多组学数据叠加到PPI网络，提升机制洞察力。

3、对节点进行属性分层，如表达趋势、功能类别等，丰富图形语义。

五、常见问题与优化建议

1、PPI网络太大，如何聚焦分析？

可通过置信度过滤、差异表达筛选、MCODE聚类等方式提取核心子网。

2、如何判断互作是否可靠？

结合 STRING 的置信度评分、实验验证标签（如“exp”）以及文献佐证进行综合评估。

3、有哪些指标可识别“关键节点”？

使用cytoHubba中的 Degree、Betweenness、Closeness 等中心性算法对节点进行打分。

六、百泰派克生物科技：高质量PPI网络分析服务助力科研洞察

在蛋白质组学研究中，蛋白互作网络不仅提升数据解释深度，更是揭示生物学机制的利器。百泰派克生物科技依托自主构建的差异蛋白筛选+PPI网络构建+功能富集分析一体化流程，帮助客户从原始质谱数据出发，快速构建科学可靠的PPI网络，挖掘潜在生物标志物或核心调控因子。

我们的优势包括：

1、精准质谱平台支持（Orbitrap Fusion、timsTOF等）。

2、标准化Cytoscape分析流程 + 高质量可视化图件输出。

3、提供SCI级图表与报告撰写支持。

蛋白–蛋白互作网络分析是从组学数据通向生物学解释的桥梁。通过结合可靠的数据库（如STRING）、强大的可视化工具（如Cytoscape）和科学的分析策略，科研人员可以从复杂的蛋白质表达数据中挖掘出具有生物学意义的互作关系。随着多组学整合与人工智能辅助分析的兴起，PPI网络在精准医学、药物开发和机制研究中的价值将愈发凸显。如您在蛋白互作研究中需要定制化分析方案，欢迎联系百泰派克生物科技获得技术支持。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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